臨床生信公共數據庫數據挖掘與可視化及文章套路研討會2024年2月線上班
時間:2024-02-02 09:00 至 2024-02-04 18:00
地點:線上活動
- 參會報名
- 會議介紹
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- 會議嘉賓
- 參會指南
臨床生信公共數據庫數據挖掘與可視化及文章套路研討會2024年2月線上班
會議時間:2024-02-02 09:00至 2024-02-04 18:00結束 會議地點: 線上活動 詳細地址會前通知 會議規模:暫無 主辦單位: 上海統循會務咨詢有限公司
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門票名稱 | 單價 | 截止時間 | 數量 | |
會務費 暫無說明 | ¥3200.0 | 2024-02-01 17:00 | ||
合計:
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會議介紹
會議內容 主辦方介紹
臨床生信公共數據庫數據挖掘與可視化及文章套路研討會2024年2月線上班宣傳圖
2024年2月2-4日 騰訊網絡會議
背景簡介:
隨著后基因組時代生信分析方法的不斷完善和創新,臨床與生信的關聯越來越密切。我們可以通過高通量數據快速、準確、創新的篩選到自己課題方向相關的關鍵靶標以及機制。高通量數據來源廣泛,總體分成兩類:(1)采集樣本進行測序(自有數據);(2)公共數據庫中免費下載高通量數據。
公共數據庫的數據樣本量大,免費而且選擇范圍廣。常見的數據庫有TCGA數據庫和NCBI GEO數據庫,里面含有大量的不同研究方向的樣本高通量數據。
癌癥是臨床醫學中非常重要的疾病方向。TCGA數據庫中包含了常見了40種癌癥方向的高通量數據及臨床信息。大家對TCGA數據庫的使用近幾年也在逐漸增加!另外,其他疾病的研究可以通過GEO數據庫進行。
本次培訓不僅僅要大家了解多種不同的生信分析思路,學會TCGA & GEO數據庫的基礎操作,比如 數據篩選,下載,差異分析,功能通路分析,預后分析等等,還有復雜的預后模型構建篩選風險基因的實操內容??梢哉f是基礎分析與高級分析并存。
培訓班針對生信0基礎的學員進行教學,包教包會。
講師簡介:宋偉博士
成果:參與完成了近百篇軟件著作權和發明專利的撰寫和申請;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等數據庫的分析和構建;完成個體基因檢測流程和無創唐篩流程的開發。
研究方向:有近十年的生信分析經驗,擅長方向有轉錄組測序分析、芯片數據分析、疾病機理研究分析、疾病預后與基因關聯分析、項目分析思路設計以及個性化分析等,精通perl、R等編程語言。
培訓經歷:在上海、北京、廣州、沈陽、南京等城市舉辦過幾十場培訓班。
主辦方:上海統循會務咨詢有限公司
會議時間:2024年2月2-4日(2天1晚)
第1天 晚上19:00-22:00(線上)
第2、3天 白天9:00-18:00
會議地點:線上:騰訊網絡會議室
會務費用:3200元/人
優惠政策:
1.提前確認報名及轉賬的,可以提前拿到學習材料
2.三人組團報名,每人優惠100元
3.四人組團報名,每人優惠200元,
4.六人組團報名繳費,可免1人參會費!
可以開正規會務發票,紙質邀請函(蓋紅章)。
注意事項:使用win7以上系統的電腦,現場不得錄音錄像。上課軟件為Cytoscape,Heml,GSEA,R和Rstudio。
另外需安裝騰訊會議軟件。
詳細日程參見日程表
TCGA&GEO數據分析及癌癥預后模型構建靶標篩選日程 | |||
時間安排 | 大綱 | 詳細內容 | |
第一天 晚上 | 19:00~20:30 | 生信與臨床關聯,以及文獻解讀 | 生物信息介紹,與臨床的密切關聯; 國自然前期基礎研究中生信的作用。 |
高通量:測序及芯片介紹——不同組學:轉錄組學、基因組學、表觀組學、順反組學、宏基因組學等。 | |||
經典生信SCI文章的解讀,了解TCGA數據庫、GEO 數據庫這些公共數據的挖掘獲得創新結論并發文章的思路。 | |||
20:45-22:00 | R語言學習 | R軟件與Rstudio軟件下載、安裝、界面。 R語言基礎:元素、向量、矩陣、數組 R語言函數:計算函數、統計函數等 R語言路徑確認及修改 R語言文件(圖、表)的導入和導出 R語言包:常見R包的下載安裝方法 | |
第二天 | 9:00~ 10:20 | TCGA數據庫 NCBI GEO數據庫 | TCGA數據庫:最全的癌癥高通量數據公共庫(簡介) TCGA數據庫的介紹和使用(包含了轉錄組、基因組、表觀組和臨床信息數據) GEO數據庫介紹: 數據量最大的高通量公共數據庫。 GEO數據庫的高通量芯片數據查找、篩選、探針轉換、差異分析等。 |
茶歇 | |||
10:30~12:00 | TCGA相關的下載工具 | TCGA數據庫癌癥數據下載:RNA-seq數據、miRNA-seq數據、甲基化數據、基因組數據及臨床信息數據的下載 | |
午飯休息 | |||
13:30~15:20 | 差異分析及作圖 | GEO2R工具 R語言:差異分析limma包使用、火山圖制作 | |
茶歇 | |||
15:30~17:30 | 數據的后續高級分析工具實戰 | 聚類熱圖制作 R語言pheatmap包做聚類熱圖 DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析 | |
第三天 | 9:00~ 10:20 | 蛋白互作分析及網絡圖構建美化 | 蛋白與蛋白互作分析(PPI)——STRING數據庫 |
cytoscape軟件 :網絡圖構建及網絡拓補學分析 篩選關鍵hub基因 | |||
茶歇 | |||
10:30~12:00 | 癌癥預后模型構建R語言實操 | 單因素及多因素cox回歸分析 | |
LASSO回歸分析篩選特征因子基因 | |||
生存預后風險預測模型效能評估和比較分析 | |||
獨立生存預后因素的生存率模型的構建 | |||
午飯休息 | |||
13:30~15:20 | TCGA相關的在線分析工具實操 | TCGA數據分析——突變分析、差異分析、關聯分析、生存分析、miRNA調控靶基因分析等。 Ualcan數據庫學習 GEPIA數據庫學習 | |
茶歇 | |||
15:35~17:00 | 思路討論 | 基于GEO數據庫多套數據整合(meta)分析思路 | |
基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全轉錄組整合分析思路 | |||
基于TCGA的甲基化與轉錄組整合分析思路 | |||
基于TCGA的基因組與轉錄組整合分析思路 | |||
串講 | 實操大串講 | ||
備注:講師基于windows系統講解,請盡量使用windows電腦參加 | |||
通過本次學習,您可以學會以下作圖(包括但不限于)
示例圖 樣本表達箱式圖
示例圖 差異結果展示:火山圖與熱圖
示例圖 關鍵基因的聚類熱圖
示例圖 通路富集分析結果圖
示例圖 網絡圖
示例圖 關鍵基因的KM生存曲線圖
示例圖 關鍵基因的突變oncoprint熱圖
示例圖 關鍵基因的表達箱式圖
示例圖 venn圖
示例圖 森林圖與lasso回歸分析
示例圖 模型驗證
示例圖 列線圖
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會議嘉賓
參會指南
會議門票
票種名稱 | 價格 | 原價 | 票價說明 |
會務費 | ¥3200 | ¥ |
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溫馨提示
酒店與住宿:
為防止極端情況下活動延期或取消,建議“異地客戶”與活動家客服確認參會信息后,再安排出行與住宿。
退款規則:
活動各項資源需提前采購,購票后不支持退款,可以換人參加。
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