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首頁 > 商務會議 > 教育培訓會議 > 臨床生信公共數據庫數據挖掘與可視化及文章套路研討會2024年2月線上班 更新時間:2023-12-11T11:45:10

臨床生信公共數據庫數據挖掘與可視化及文章套路研討會2024年2月線上班
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臨床生信公共數據庫數據挖掘與可視化及文章套路研討會2024年2月線上班

會議時間:2024-02-02 09:00至 2024-02-04 18:00結束

會議地點: 線上活動  詳細地址會前通知  

會議規模:暫無

主辦單位: 上海統循會務咨詢有限公司

發票類型:增值稅普通發票 增值稅專用發票

門票名稱單價截止時間數量
會務費 暫無說明 ¥3200.0 2024-02-01 17:00

會議介紹

會議內容 主辦方介紹


臨床生信公共數據庫數據挖掘與可視化及文章套路研討會2024年2月線上班

臨床生信公共數據庫數據挖掘與可視化及文章套路研討會2024年2月線上班宣傳圖

臨床生信公共數據庫數據挖掘與可視化及文章套路研討會

2024年2月2-4日 騰訊網絡會議

背景簡介:

隨著后基因組時代生信分析方法的不斷完善和創新,臨床與生信的關聯越來越密切。我們可以通過高通量數據快速、準確、創新的篩選到自己課題方向相關的關鍵靶標以及機制。高通量數據來源廣泛,總體分成兩類:(1)采集樣本進行測序(自有數據);(2)公共數據庫中免費下載高通量數據。

公共數據庫的數據樣本量大,免費而且選擇范圍廣。常見的數據庫有TCGA數據庫和NCBI GEO數據庫,里面含有大量的不同研究方向的樣本高通量數據。

癌癥是臨床醫學中非常重要的疾病方向。TCGA數據庫中包含了常見了40種癌癥方向的高通量數據及臨床信息。大家對TCGA數據庫的使用近幾年也在逐漸增加!另外,其他疾病的研究可以通過GEO數據庫進行。

本次培訓不僅僅要大家了解多種不同的生信分析思路,學會TCGA & GEO數據庫的基礎操作,比如 數據篩選,下載,差異分析,功能通路分析,預后分析等等,還有復雜的預后模型構建篩選風險基因的實操內容??梢哉f是基礎分析與高級分析并存。

培訓班針對生信0基礎的學員進行教學,包教包會。

講師簡介:宋偉博士

成果:參與完成了近百篇軟件著作權和發明專利的撰寫和申請;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等數據庫的分析和構建;完成個體基因檢測流程和無創唐篩流程的開發。

研究方向:有近十年的生信分析經驗,擅長方向有轉錄組測序分析、芯片數據分析、疾病機理研究分析、疾病預后與基因關聯分析、項目分析思路設計以及個性化分析等,精通perl、R等編程語言。

培訓經歷:在上海、北京、廣州、沈陽、南京等城市舉辦過幾十場培訓班。

主辦方:上海統循會務咨詢有限公司

會議時間20242月2-4日2天1晚

第1天 晚上19:00-22:00(線上)

第2、3天 白天9:00-18:00

會議地點線上:騰訊網絡會議室

會務費用3200/

優惠政策:

1.提前確認報名及轉賬的,可以提前拿到學習材料

2.三人組團報名,每人優惠100元

3.四人組團報名,每人優惠200元,

4.人組團報名繳費,可免1人參會費!

可以開正規會務發票,紙質邀請函(蓋紅章)。

注意事項:使用win7以上系統的電腦,現場不得錄音錄像。上課軟件為Cytoscape,Heml,GSEA,R和Rstudio。

另外需安裝騰訊會議軟件。



詳細日程參見日程表

TCGA&GEO數據分析及癌癥預后模型構建靶標篩選日程

時間安排

大綱

詳細內容

第一天

晚上

19:00~20:30

生信與臨床關聯,以及文獻解讀

生物信息介紹,與臨床的密切關聯;

國自然前期基礎研究中生信的作用。

高通量:測序及芯片介紹——不同組學:轉錄組學、基因組學、表觀組學、順反組學、宏基因組學等。

經典生信SCI文章的解讀,了解TCGA數據庫、GEO 數據庫這些公共數據的挖掘獲得創新結論并發文章的思路。

20:45-22:00

R語言學習

R軟件與Rstudio軟件下載、安裝、界面。

R語言基礎:元素、向量、矩陣、數組

R語言函數:計算函數、統計函數等

R語言路徑確認及修改

R語言文件(圖、表)的導入和導出

R語言包:常見R包的下載安裝方法


第二天


9:00~ 10:20

TCGA數據庫

NCBI GEO數據庫


TCGA數據庫:最全的癌癥高通量數據公共庫(簡介)

TCGA數據庫的介紹和使用(包含了轉錄組、基因組、表觀組和臨床信息數據)

GEO數據庫介紹: 數據量最大的高通量公共數據庫。

GEO數據庫的高通量芯片數據查找、篩選、探針轉換、差異分析等。

茶歇

10:30~12:00

TCGA相關的下載工具

TCGA數據庫癌癥數據下載:RNA-seq數據、miRNA-seq數據、甲基化數據、基因組數據及臨床信息數據的下載
TCGA數據書庫癌癥數據的處理,獲得關鍵mRNA、miRNA的表達譜矩陣。

午飯休息

13:30~15:20

差異分析及作圖

GEO2R工具

R語言:差異分析limma包使用、火山圖制作

茶歇

15:30~17:30

數據的后續高級分析工具實戰

聚類熱圖制作

R語言pheatmap包做聚類熱圖

DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析


第三天

9:00~ 10:20

蛋白互作分析及網絡圖構建美化

蛋白與蛋白互作分析(PPI)——STRING數據庫

cytoscape軟件 :網絡圖構建及網絡拓補學分析

篩選關鍵hub基因

茶歇

10:30~12:00

癌癥預后模型構建R語言實操

單因素及多因素cox回歸分析

LASSO回歸分析篩選特征因子基因

生存預后風險預測模型效能評估和比較分析

獨立生存預后因素的生存率模型的構建

午飯休息

13:30~15:20

TCGA相關的在線分析工具實操

TCGA數據分析——突變分析、差異分析、關聯分析、生存分析、miRNA調控靶基因分析等。
Cbioportal數據庫學習

Ualcan數據庫學習

GEPIA數據庫學習

茶歇

15:35~17:00

思路討論

基于GEO數據庫多套數據整合(meta)分析思路

基于TCGAlncRNA-miRNA-mRNA全轉錄組整合分析思路

基于TCGA的甲基化與轉錄組整合分析思路

基于TCGA的基因組與轉錄組整合分析思路

串講

實操大串講

備注:講師基于windows系統講解,請盡量使用windows電腦參加







通過本次學習,您可以學會以下作圖包括但不限于



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示例圖 樣本表達箱式圖

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示例圖 差異結果展示:火山圖與熱圖

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示例圖 關鍵基因的聚類熱圖


臨床生信公共數據庫數據挖掘與可視化及文章套路研討會2024年2月線上班

示例圖 通路富集分析結果圖


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示例圖 網絡圖

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示例圖 關鍵基因的KM生存曲線圖

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示例圖 關鍵基因的突變oncoprint熱圖

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示例圖 關鍵基因的表達箱式圖

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示例圖 venn

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示例圖 森林圖與lasso回歸分析

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示例圖 模型驗證

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示例圖 列線圖


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會議日程


即將更新,敬請期待

會議嘉賓


即將更新,敬請期待

參會指南

會議門票


票種名稱 價格 原價 票價說明
會務費 ¥3200

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溫馨提示
酒店與住宿: 為防止極端情況下活動延期或取消,建議“異地客戶”與活動家客服確認參會信息后,再安排出行與住宿。
退款規則: 活動各項資源需提前采購,購票后不支持退款,可以換人參加。

會議支持:

  • 會員折扣
    該會議支持會員折扣
    具體折扣標準請參見plus會員頁面
  • 會員返積分
    每消費1元累積1個會員積分。
    僅PC站支持。
  • 會員積分抵現
    根據會員等級的不同,每抵用1元可使用的積分也不一樣,具體可參見PLUS會員頁面。 僅PC站支持。

部分參會單位

主辦方沒有公開參會單位

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